De exacte etiologie van auto-immuunziekten is nog niet volledig bekend. Het is duidelijk dat er een genetische gevoeligheid bestaat voor verschillende auto-immuunziekten. Het major histocompatibility complex (MHC) speelt hierin een rol, een groep genen die coderen voor eiwitten op het oppervlak van cellen die het immuunsysteem helpen om vreemde stoffen te herkennen. Ook kunnen omgevingsfactoren en microbiële infecties bijdragen aan het ontstaan van auto-immuunziekten. Microben kunnen bijvoorbeeld autoreactieve T-cellen activeren. Pathogene T-cellen reageren op verschillende lichaamseigen antigenen.¹