De rol van het microbioom bij post-acute infectieuze syndromen
De rol van het microbioom bij post-acute infectieuze syndromen

Met het ontstaan van long COVID en de wereldwijde aandacht hiervoor is het onderzoeksbudget voor wat tegenwoordig post-acute infectieuze syndromen (PAIS) heet, sterk verhoogd. PAIS is echter zeker niet nieuw en allerlei virale, bacteriële en parasitaire infecties kunnen uitmonden in PAIS. ME/CVS is waarschijnlijk het bekendste voorbeeld. In de wetenschappelijke zoektocht naar de pathofysiologische basis van PAIS is steeds meer onderzoek zich gaan richten op het darmmicrobioom. Er zijn opvallende afwijkingen gevonden en inmiddels ook enkele aanwijzingen dat microbioombehandeling een positief effect kan hebben.

Al decennia zien behandelaars met enige regelmaat patiënten met onder andere chronische vermoeidheid. Een bij deze patiëntengroep veelvoorkomende diagnose is myalgische encefalomyelitis/chronisch vermoeidheidssyndroom (ME/CVS). Deze vorm van PAIS is al sinds de jaren tachtig van de vorige eeuw in de belangstelling.1 De prevalentie van ME/CVS in Nederland werd in 2018 door de Gezondheidsraad op dertig- tot veertigduizend patiënten geschat, maar recent internationaal onderzoek komt tot een hogere schatting van 0,89% (ongeveer honderdzestigduizend patiënten in Nederland).2,3 Hoewel de exacte oorzaak en ziektemechanismen van ME/CVS onbekend zijn, wordt al decennia geconcludeerd dat deze aandoening in circa 80% van de gevallen voorafgegaan wordt door een infectie.4 Daarbij gaat het niet om een specifieke ziekteverwekker, maar zijn het allerlei verschillende infecties die het startpunt van ME/CVS kunnen vormen. In een kleiner aantal gevallen wordt vermoed dat een andere externe stressor, zoals blootstelling aan zware metalen, initiator is van ME/CVS.

Sinds COVID en het ontstaan en erkennen van long COVID is de term post-acute infectieuze syndromen (PAIS) in gebruik geraakt.5 Het budget voor onderzoek was ineens vele malen groter en allerlei disciplines zijn zich hiermee bezig gaan houden. Maar ook kwam hiermee erkenning dat er diverse vormen van PAIS zijn, geassocieerd met verschillende soorten pathogenen zoals virussen, bacteriën of parasieten. Naast ME/CVS worden bijvoorbeeld Q-koorts vermoeidheidssyndroom (QVS), post-Ebola syndrome (PES) en post-treatment Lyme disease syndrome (PTLDS) genoemd als voorbeelden van PAIS.5 Doordat er jarenlang beperkte financiering was, maar ook door de complexiteit en het feit dat klachten aspecifiek en uiteenlopend zijn, was voor het ontstaan van long COVID niet alleen het onderzoek naar PAIS relatief beperkt, maar ook herkenning van PAIS in de praktijk. Daardoor zijn de gegevens over de verschillende vormen van PAIS beperkt en zijn er mogelijk veel patiënten gemist.

Wat is PAIS?

PAIS zijn syndromen en dus per definitie diagnoses op basis van een verzameling symptomen. In vrijwel alle syndromen is de exacte oorzaak van de symptomen onbekend en dat is bij PAIS niet anders. Opvallend is dat bij alle vormen van PAIS vergelijkbare klachten spelen. De meest genoemde zijn inspanningsintolerantie, onevenredige mate van vermoeidheid, neurocognitieve en zintuiglijke stoornissen (zoals brain fog), griepachtige symptomen, niet-verkwikkende slaap en spier- en/of gewrichtspijn.5 Daarnaast spelen tal van andere symptomen een rol, die per patiënt kunnen verschillen. Ook worden er verschillen gezien afhankelijk van de soort infectie die voorafging aan PAIS. Wat betreft het typische klachtenbeeld is er dus een flinke overlap tussen bijvoorbeeld long COVID en ME/CVS.6 Verderop zal nog blijken dat dit ook geldt voor de uitkomsten van microbioomonderzoek.

Waardoor sommige mensen wel en andere geen PAIS oplopen na infectie, en daarmee de vraag wat de oorzaak is, is onderwerp van stevig debat. In Nederland is lang gewerkt met cognitieve gedragstherapie en graded excersise therapie als behandeling, wat vaak heeft geleid tot de aanname en stigmatisering dat het ‘tussen de oren zit’. Dit was een van de kritiekpunten die in het PAIS-protest eind november 2025 werden geuit. Deze kritiek is overigens niet nieuw: het advies van de Gezondheidsraad over ME/CVS uit 2018 maakt al melding van een burgerinitiatief uit 2013 waarin hetzelfde bezwaar klonk. Hoe omstreden een en ander is, blijkt ook uit de totstandkoming van dat advies zelf, want twee van de commissieleden trokken zich terug omdat zij het op punten niet eens waren met het advies.

Ondanks de controverse is er wel een aantal aspecten die in diverse onderzoeken gevonden worden. Zo is er consequent sprake van laaggradige ontsteking, maar zonder eenduidig patroon en vaak niet te vinden met standaardtesten zoals CRP-meting.7,8 De ontsteking kan lokaal zijn en/of laaggradig en kan zich bijvoorbeeld uiten in pro-inflammatoire cytokines zoals IFN-γ of TNF-α in hersenvocht. Diverse immuuncellen lijken niet goed te functioneren. Eén voorbeeld hiervan is dat een behoorlijk deel van de patiënten kampt met het Mast Cell Activation Syndrome (MCAS).7 Verder worden er afwijkingen gevonden in bloedvaten, mitochondriale functie en oxidatieve stress, tryptofaanmetabolisme (omzetting naar serotonine, kynurenine of indole, of metabolieten daarvan), het darmmicrobioom en hormonale regelsystemen.4,7,8 Andere pathofysiologische afwijkingen worden ook gezien en de grote uitdaging is om de samenhang tussen alle factoren te begrijpen.

Vaak worden PAIS geduid als multisysteemziekten, wat de betrokkenheid van een groot aantal fysiologische systemen en de complexiteit weergeeft. Deze term drukt echter ook een zeker onvermogen uit om vanuit de nog altijd veelgebruikte reductionistische manier van onderzoek tot goed begrip van het ziektebeeld te komen. Reductionisme is het terugbrengen van fenomenen tot eenvoudigere, onderliggende onderdelen. Dit werkt soms goed, zoals bij het duiden van een acute virale ziekte zoals COVID of bij een hartinfarct, maar bemoeilijkt juist het onderzoek naar en begrip van ziektebeelden die samenhangen met de complexiteit van onze biologie. Dit is ook terug te vinden in de veelheid van hypothesen over het ontstaan en ontwikkelen (de pathogenese) van PAIS. Er zijn bijvoorbeeld aanwijzingen voor een voortdurende en sluimerende aanwezigheid van het virus of de bacterie die voorafging aan de betreffende PAIS en wordt gehypothetiseerd dat dit PAIS veroorzaakt.5,8 Maar er zijn evengoed aanwijzingen voor auto-immuun activiteit, wat als alternatieve of aanvullende hypothese geldt.5,8 Andere hypotheses zijn het onvermogen van het lichaam om schade van de originele infectie te herstellen, (re)activatie van andere ziekteverwekkers en microbiële dysbiose.5,8

PAIS en dysbiose

Laatstgenoemde hypothese, dysbiose, heeft als voordeel dat hierbij wel in de complexiteit gedacht wordt. Daarmee bedoel ik dat we bij het onderzoeken van de invloed van het darmmicrobioom op onze gezondheid niet ontkomen aan het feit dat alles invloed heeft op alles. De relatie tussen het darmmicrobioom en mens kan het beste gezien worden als een ecosysteem. Er is een grote mate van onderlinge invloed en afhankelijkheid, en een verandering in één factor leidt tot verandering van veel andere factoren. Dit past goed bij ziektebeelden zoals PAIS, waarin ook allerlei verstoringen invloed hebben op andere factoren. Denk bijvoorbeeld aan weefselschade die het immuunsysteem activeert, ontsteking die leidt tot weefselschade, verstoorde hormoonhuishouding en verstoorde neurologische functies, wat op zijn beurt leidt tot immuunactivatie en aangepast gedrag. Elke factor beïnvloedt andere factoren en vice versa. Dit geldt ook voor het microbioom, zowel tussen de micro-organismen als tussen mens en microben. Dat laatste wordt vaak beschreven met de term holobiont: de mens en alle microben in en op hem vormen één geheel en zijn onderling afhankelijk van elkaar.9,10

De invloed van het microbioom brengt dus meer denken vanuit complexiteit met zich mee. Maar is het microbioom ook betrokken bij PAIS? Het antwoord is een heldere ja, want er verschijnen steeds meer studies die dit laten zien bij diverse vormen van PAIS. Uit onderzoek bleek bijvoorbeeld dat na COVID het darmmicrobioom verstoord was maar bij de meeste mensen langzaam herstelde naar de staat van vóór infectie, terwijl dit bij mensen met long COVID niet het geval was.11 Hoe meer tijd verstreek, hoe groter het verschil werd tussen herstelde personen en mensen die long COVID hadden ontwikkeld. De rijkheid en diversiteit was bij de laatste groep lager en diverse boterzuurvormende bacteriesoorten waren in aantal afgenomen. Boterzuur is zowel een belangrijke lokale regulator van de darmbarrièrefunctie als een systemische regulator van het immuunsysteem. Ook waren bepaalde pathogene bacteriesoorten in hogere aantallen aanwezig. Een groep onderzoekers van TNO trok in een literatuurreview dezelfde conclusies, waar ze aan toevoegde dat de mate van dysbiose bovendien correleerde met de ernst van de klachten.12 Eén onderzoek dat zij citeerden, liet zelfs zien dat het darmmicrobioom de beste voorspeller was van variatie in klachten bij long COVID.13

De bevindingen over afwijkingen van het microbioom bij long COVID staan niet op zichzelf, ook bij andere vormen van PAIS treden die op. Zo zijn in onafhankelijk onderzoek vergelijkbare afwijkingen bij ME/CVS-patiënten gevonden, met ook een rol voor verlaagde boterzuurvormers en verhoogde pathogenen.11 Nederlands onderzoek onder QVS-patiënten laat zien dat hun microbioom op dezelfde wijze afwijkt van dat van een gezonde controlegroep als dat van ME/CVS-patiënten.14 Ook bij PTLDS is het microbioom dusdanig verstoord dat dit een sterke differentiator is tussen patiënten en gezonde controles.15 Opvallend is dat in dit onderzoek drie soorten van het bacteriegeslacht Blautia sterk verhoogd zijn. Dit geslacht bevat weliswaar ook boterzuurvormers, maar is bij nieuw gediagnosticeerde diabetes type 1-patiënten gecorreleerd met bepaalde auto-antilichamen.15 Dit zou kunnen wijzen op een rol van het microbioom in de auto-immuun-hypothese.

Ook kan het darmmicrobioom een plaats innemen in de hypothese rond sluimerende aanwezigheid van het virus, zoals bijvoorbeeld SARS-CoV-2 bij long COVID. Onderzoek laat namelijk zien dat de darm een reservoir van virussen is, niet alleen van bacteriofagen die bacteriën infecteren maar ook van virussen die mens infecteren.16 Er wordt in een deel van de mensen zelfs zeven maanden na infectie nog SARS-CoV-2-virusmateriaal in feces gevonden, veel langer dan de paar weken dat het in de luchtwegen wordt aangetroffen.17 Een ander onderzoek laat zien dat van patiënten met inflammatoire darmziekten (IBD) een aanzienlijk deel (40%) long COVID ontwikkelde en dat bij veel van hen (niet kweekbaar) virusmateriaal in fecale samples werd gevonden.18 Kortom, de darm en het microbioom lijken invloed op de virusload te hebben, ook lang na een infectie.

Naast onderzoek direct gericht op het microbioom, is ook interessant dat in allerlei soorten van PAIS een hogere prevalentie van het prikkelbaredarmsyndroom (PDS) en/of buikklachten wordt gevonden. Bij ME/CVS heeft circa 35-90% van de patiënten buikklachten,19 bij long COVID 22% en heeft 17% PDS.20 Ook bij QVS is het percentage patiënten met PDS hoger dan onder de algemene bevolking en stijgt dat zelfs naarmate de jaren verstrijken tot 16,5%.21 Laatstgenoemde onderzoek is uitgevoerd door Q-support met hulp van Erasmus MC en de hoge prevalentie van buikklachten was voor Q-support aanleiding om een pilotproject te doen, waar ik verderop op terugkom.

Behandeling PAIS

Er zijn in Nederland diverse behandelingen in gebruik bij ME/CVS, zoals vitamine B12-injecties en L-acetyl-carnitine. Reviews laten zien dat er ook verschillende behandelingen worden getest voor long COVID,8 waaronder metformine en low-dose naltrextrone die beide verschillende aangrijpingspunten hebben rond met name het remmen van ontsteking. Voor de verschillende symptomen worden tal van andere therapievormen gebruikt en onderzocht, zoals histamineremmers bij MCAS en pacing voor post-exertionele malaise.4,22 In Nederland zijn lang cognitieve gedragstherapie en graded excercise training als belangrijkste therapievormen gepropageerd, maar de ervaringen in de praktijk zijn slecht. Dat de Gezondheidsraad dit in haar rapport over ME/CVS in 2018 niet expliciet afraadde, was een van de redenen dat twee commissieleden zich terugtrokken.2

Darmmicrobioom

Gezien de grote systemische invloed van het darmmicrobioom en de rol in PAIS is het logisch om therapievormen te overwegen die zich hierop richten. Inderdaad concludeert de eerdergenoemde review van TNO-onderzoekers dan ook dat gepersonaliseerde microbioombehandeling waarschijnlijk de beste kansen op succes heeft bij long COVID.12 Hier kan ik putten uit eigen ervaring bij het Microbiome Center, een organisatie met een platform waarop behandelaars hun eigen patiënten gepersonaliseerde microbioombehandeling kunnen voorschrijven (de TNO-onderzoekers schreven hun review overigens zonder dat zij van het bestaan van het Microbiome Center wisten).

In 2024 kregen in een pilotproject van het Microbiome Center, samen met Q-support, 85 QVS-patiënten een gepersonaliseerde microbioombehandeling gecombineerd met een leefstijladvies. Nadien werd een data-analyse gedaan van driewekelijkse zelf gerapporteerde klachten en algemeen welbevinden. Van 69 patiënten waren er voldoende data om conclusies te trekken. Bijna de helft van hen ervoer verbetering op het algemeen welbevinden, met één op de zeven een sterke verbetering. Een vergelijkbaar resultaat was er bij de per persoon verschillende medische klachten: ook daar meldde ruim de helft enige tot veel verbetering op het totaal aan klachten. Dergelijke zelfrapportage kent uiteraard beperkingen maar om de resultaten in perspectief te plaatsen, is het zinvol om te weten dat deze deelnemers gemiddeld al zestien jaar QVS hadden en in al die jaren tevergeefs al van alles geprobeerd hadden. Dat maakt de kans dat de gerapporteerde verbeteringen voortkomen uit een placebo-effect kleiner. Deze resultaten zijn voor het Microbiome Center aanleiding om verder wetenschappelijk onderzoek te starten en om de bestaande ervaringen in het brede netwerk van behandelaren verder te analyseren. Een eerste blik leerde bijvoorbeeld dat vergelijkbare resultaten bij ME/CVS en long COVID worden gezien.

Pre- en probiotica

Deze resultaten staan niet geheel op zichzelf. Een klein aantal gepubliceerde onderzoeken laat positieve effecten zien van specifieke probiotica bij PAIS. In 2012 concludeerden Australische arts-onderzoekers al dat infusie met dertien bacteriestammen bij circa 70% van de zestig ME/CVS-patiënten voor verbetering zorgde, wat bij 58% na vijftien tot twintig jaar blijvend was.23 Een kleine pilotstudie, waarin vier verschillende mengsels van specifieke probiotische stammen werden gebruikt in dertien ME/CVS-patiënten, liet eveneens verbetering zien op diverse parameters.24 Ook een RCT die het effect van synbiotica op long COVID onderzocht, toonde positieve effecten op diverse uitkomstmaten zoals concentratie, vermoeidheid en spierpijn.25 Een RCT die een ander mengsel van pre- en probiotica bij long COVID onderzocht, liet weinig verschil zien op belangrijke uitkomstmaten zoals vermoeidheid.26 Dit onderschrijft dat effecten stam-specifiek zijn en het ene probioticum het andere niet is. Een RCT met honderd patiënten per groep gebruikte drie verschillende Bacillus-stammen plus enzymen en vond dat na twee weken in de interventiegroep maar liefst 91% vrij was van vermoeidheid, terwijl dit in de placebogroep bij slechts 15% van de deelnemers het geval was.27 Kortom, er zijn niet veel onderzoeken naar het effect van specifieke probiotica, maar de meeste van het kleine aantal dat gepubliceerd is, laten aardig goede resultaten zien.

Wat kunnen we hiermee?

We kunnen concluderen dat er vrij sterke aanwijzingen zijn dat het microbioom een rol speelt bij PAIS. Daarnaast zijn er voorzichtige aanwijzingen dat interventies gericht op het microbioom bij een deel van de patiënten tot verbetering kunnen leiden. Dat wil niet zeggen dat microbioombehandeling de spreekwoordelijke ‘golden bullet’ is; die bestaat helaas niet. Maar het laat wel zien dat bij PAIS-patiënten het microbioom een ingang kan zijn om de systemische problemen aan te pakken. Zeker als een patiënt met PAIS ook buikklachten heeft, lijkt er voldoende reden te zijn om bijvoorbeeld een fecesanalyse te overwegen en/of een microbioominterventie in te zetten. Dit ontsluit een nieuwe ingang in het pallet aan behandelingen voor PAIS die, vanwege de grote verwevenheid van het microbioom en de hele menselijke biologie, bovendien aansluit bij het multisysteem-karakter van PAIS. 

Referenties
  1. Komaroff AL. Growing recognition of post-acute infection syndromes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2025 Jul 14;122(29):e2513877122.
  2. Gezondheidsraad. ME/CVS Aan: de Voorzitter van de Tweede Kamer der Staten-Generaal. Nr. 2018/07, Den Haag 19 maart 2018. 2018 Mar. Report No.: 2018/07.
  3. Lim EJ, Ahn YC, Jang ES, et al. Systematic review and meta-analysis of the prevalence of chronic fatigue syndrome/myalgic encephalomyelitis (CFS/ME). J Transl Med. 2020 Feb 24;18(1):100.
  4. Arron HE, Marsh BD, Kell DB, et al. Myalgic Encephalomyelitis/Chronic Fatigue Syndrome: the biology of a neglected disease. Front Immunol. 2024 Jun 3;15:1386607.
  5. Choutka J, Jansari V, Hornig M, et al. Unexplained post-acute infection syndromes. Nat Med. 2022 May;28(5):911-923. Erratum in: Nat Med. 2022 Aug;28(8):1723.
  6. Komaroff AL, Lipkin WI. ME/CFS and Long COVID share similar symptoms and biological abnormalities: road map to the literature. Front Med (Lausanne). 2023 Jun 2;10:1187163.
  7. Trautmann A. Core features and inherent diversity of post-acute infection syndromes. Front Immunol. 2025 Jun 3;16:1509131.
  8. Steenblock C, Toepfner N, Kok YP, et al. A multimodal approach for treating post-acute infectious syndrome. Brain Medicine. 2024 Aug 30;1(1):35–41.
  9. van de Guchte M, Blottière HM, Doré J. Humans as holobionts: implications for prevention and therapy. Microbiome. 2018 May 1;6(1):81.
  10. Desikan P, Rangnekar A. Human holobionts: Metaorganisms hidden in plain sight? Indian J Med Res. 2024 Jun;159(6):702-704.
  11. Guo C, Yi B, Wu J, et al. The microbiome in post-acute infection syndrome (PAIS). Comput Struct Biotechnol J. 2023 Aug 5;21:3904–11.
  12. Scheithauer TPM, Montijn RC, Mieremet A. Gut microbe–host interactions in post-COVID syndrome: a debilitating or restorative partnership? Gut Microbes. 2024 Dec 31;16(1):2402544.
  13. Su Q, Lau RI, Liu Q, et al. The gut microbiome associates with phenotypic manifestations of post-acute COVID-19 syndrome. Cell Host & Microbe. 2024 May 8;32(5):651-660.e4.
  14. Raijmakers RPH, Roerink ME, Jansen AFM, et al. Multi-omics examination of Q fever fatigue syndrome identifies similarities with chronic fatigue syndrome. J Transl Med. 2020 Nov 26;18(1):448.
  15. Morrissette M, Pitt N, González A, et al. A Distinct Microbiome Signature in Posttreatment Lyme Disease Patients. mBio. 2020 Sep 29;11(5):e02310-20.
  16. Neurath MF, Überla K, Ng SC. Gut as viral reservoir: lessons from gut viromes, HIV and COVID-19 [Internet]. 2021 Sep 1.
  17. Natarajan A, Zlitni S, Brooks EF, et al. Gastrointestinal symptoms and fecal shedding of SARS-CoV-2 RNA suggest prolonged gastrointestinal infection. Med. 2022 Jun 10;3(6):371-387.e9.
  18. McMillan P, Turner AJ, Uhal BD. Mechanisms of Gut-Related Viral Persistence in Long COVID. Viruses. 2024 Aug 7;16(8):1266.
  19. Stallmach A, Quickert S, Puta C, et al. The gastrointestinal microbiota in the development of ME/CFS: a critical view and potential perspectives. Front Immunol. 2024 Mar 28;15:1352744.
  20. Choudhury A, Tariq R, Jena A, et al. Gastrointestinal manifestations of long COVID: A systematic review and meta-analysis. Therap Adv Gastroenterol. 2022 Aug 19;15:17562848221118403.
  21. Stemerdink NC, Haagsma JA, Hartman E, et al. Vier jaar QVS database onderzoek: Impact van het Q-koortsvermoeidheidssyndroom op gezondheid, het dagelijks leven en zorggebruik [Internet]. Q-support; 2025 Nov. Report No. Available from: https://www.q-support.nu
  22. Li J, Zhou Y, Ma J, et al. The long-term health outcomes, pathophysiological mechanisms and multidisciplinary management of long COVID. Sig Transduct Target Ther. 2023 Nov 1;8(1):416.
  23. Borody TJ, Nowak A, Finlayson S. The GI microbiome and its role in Chronic Fatigue Syndrome: A summary of bacteriotherapy. Journal of the Australasian College of Nutritional and Environmental Medicine. 2012 Dec;31(3):3.
  24. Venturini L, Bacchi S, Capelli E, et al. Modification of Immunological Parameters, Oxidative Stress Markers, Mood Symptoms, and Well-Being Status in CFS Patients after Probiotic Intake: Observations from a Pilot Study. Oxid Med Cell Longev. 2019;2019:1684198.
  25. Lau RI, Su Q, Lau ISF, et al. A synbiotic preparation (SIM01) for post-acute COVID-19 syndrome in Hong Kong (RECOVERY): a randomised, double-blind, placebo-controlled trial. The Lancet Infectious Diseases. 2024 Mar 1;24(3):256–65.
  26. Ranisavljev M, Stajer V, Todorovic N, et al. The effects of 3-month supplementation with synbiotic on patient-reported outcomes, exercise tolerance, and brain and muscle metabolism in adult patients with post-COVID-19 chronic fatigue syndrome (STOP-FATIGUE): a randomized Placebo-controlled clinical trial. Eur J Nutr. 2025 Feb;64(1):28.
  27. Rathi A, Jadhav SB, Shah N. A Randomized Controlled Trial of the Efficacy of Systemic Enzymes and Probiotics in the Resolution of Post-COVID Fatigue. Medicines (Basel). 2021 Aug 30;8(9):47.