De diagnose is eenvoudigheid: klachten ebben weg nadat een glutenvrij dieet ingezet wordt en ze keren terug wanneer gluten ingenomen worden. De meeste diagnosen gebeuren door de patiënt zelf en dikwijls zijn die zelfdiagnosen onterecht. De symptomen kunnen bovendien enorm variëren. Uiteraard situeren ze zich vooral ter hoogte van de darm en kan NC-gevoeligheid in dat geval beschouwd worden als een variant van prikkelbaredarmsyndroom (PDS). Andere patiënten hebben klachten zoals huiduitslag, hoofdpijn, spierpijn, bloedarmoede, vermoeidheid, 'wazig hoofd', concentratiestoornis of zelfs depressie.

Autisme en schizofrenie kunnen twee neurologische manifestaties van glutengevoeligheid zijn. Zowel autisme als schizofrenie zijn spectra van stoornissen, waarin vele factoren een rol kunnen spelen. Slechts bij een beperkte groep van deze patiënten is dus sprake van glutengevoeligheid. De verklaring wordt dan gelegd bij exorfinen afkomstig van onvolledige afbraak van proteïneafbraak.

Een arts kan momenteel de diagnose enkel stellen door coeliakie en tarweallergie uit te sluiten. Vaak verdwijnt het IgG-AGA-antilichaam uit het bloed na een glutenvrij dieet. Darmonderzoek toont (meestal) geen noemenswaardige verhoging van de darmpermeabiliteit. Echte ontstekingen zijn er niet, maar de darmmucosa is wel lichtjes ontstoken en er zijn tekenen van verhoogde immuunactiviteit (vnl. eosinofielen). Vergeleken met coeliakie en allergie treden de symptomen veel later op, uren soms dagen na gluteninname.

Glutenvrij is ondertussen uitgegroeid tot een hype. Vele mensen eten glutenvrij zonder dat ze schijnbaar baat bij hebben. Mogelijk gaat het om een prikkelbare darm en zijn ze gevoelig voor andere voedingsproducten. Ondanks de vele onzekerheden is NC-glutengevoeligheid een erkend syndroom geworden, dat een zorgvuldige en deskundige diagnose vereist.