N-acetylcysteïne kan ook bij autisme goed ingezet worden als glutamaterge modulator. Een deel van de pathofysiologie van autisme berust op een imbalans van de excitatoir-inhibitoire systemen, en dit is o.a. verantwoordelijk voor de prikkelbaarheid en gedragsstoornissen bij deze kinderen. Glutamaat speelt als excitatoire neurotransmitter hierin een grote rol. Meestal probeert men dit gedrag in de hand te houden met antipsychotica, die echter zware neveneffecten hebben.