Voedselvertering begint in de mond, gaat vervolgens via het spijsverkeringskanaal de darmen in en eindigt als ontlasting in de endeldarm. Gedurende dit hele proces kan er veel mis gaan rondom deze vertering. Bij mensen die er een verkeerd voedingspatroon op na houden, kunnen er problemen ontstaan in de productie van pancreas (alvleesklier) enzymen.

Door de trage vertering ontstaat een reflux van maagzuur. In zulke gevallen worden er vaak ten onrechte langdurig maagzuurremmers voorgeschreven, welke mogelijk een vitamine b12 tekort tot gevolg kunnen hebben. Ons darmslijmvlies-barrière is belangrijk voor ons immuunsysteem. Wanneer deze barrière beschadigd raakt door een slechte vertering en/of schadelijke stoffen zoals teveel gluten dan kunnen ontstekingen of zelfs een auto-immuunziekte ontstaan. In de darmen tenslotte leven miljarden goede bacteriën die ons lichaam beschermen tegen infecties. Veel uiteenlopende klachten kunnen ontstaan met laaggradige ontstekingen door een slechte spijsvertering.