Eerst werd een behandeling van een half uur opgestart, en vervolgens moesten de deelnemers enkele psychologische testen uitvoeren terwijl de behandeling nog voortduurde. De placebogroep onderging dezelfde procedure, maar met een uitgeschakeld apparaat. De effecten van de behandeling waren sterker bij seizoensdepressieve personen dan bij gezonde vrijwilligers.

Kenmerkend voor depressie is dat de persoon een verstandelijke voorkeur heeft voor negatieve gedachten (negatieve vertekening). Hij/zij haalt liever negatieve gedachten en herinneringen voor de geest. In psychologische testen gaan ze sneller blije gezichten herkennen, of gaan ze sneller letten op de negatieve elementen van een beeld.

Die voorkeur voor negatieve gedachten zal het negatieve zelfbeeld versterken en de depressie in stand houden. Bepaalde psychologen veronderstellen dat de verschuiving in emotionele verwerking van negatieve naar positieve gedachten een belangrijk, gemeenschappelijk therapeutisch doel is bij depressieve aandoeningen.

Negatieve-ionen behandeling kan dus het emotionele verwerkingsproces beïnvloeden. De behandeling heeft zich al effectief getoond in seizoensgebonden affectieve stoornissen en chronische depressie. Atmosferische negatieve ionen beïnvloeden de neurotransmissie van serotonine bij muizen. Een goede verklaring voor de werking van negatieve ionen is er echter niet.