Pancreatitis is de meest voorkomende bijwerking van endoscopische retrograde cholangiopancreatografie (ERCP). Melatonine als aanvulling op behandeling met ontstekingsremmer indomethacin kan het aantal gevallen van pancreatitis door ERCP verminderen. In een Iraanse studie met 411 patiënten daalde het percentage patiënten dat met pancreatitis te maken kreeg van 11-14% naar 9%. Daarnaast bleek uit meting van amylase en lipase in het bloed dat melatonine de pancreas beter beschermt tijdens de ingreep.