Uit een recent onderzoek bleek dat inactief gedrag geassocieerd is met een verhoogde aanwezigheid van bepaalde darmbacteriën, zoals Escherichia coli. Matige en intensieve fysieke activiteit waren geassocieerd met een lagere aanwezigheid van E. coli en een grotere rijkdom aan gunstige, butyraatproducerende bacteriën zoals roseburia en Faecalibacterium prausnitzii.

Diversiteit en samenstelling van de darmmicrobiota zijn essentieel voor kolonisatieresistentie. De aanwezigheid van bepaalde sleutelsoorten blijkt van vitaal belang, zelfs als deze individueel weinig bescherming bieden. Opmerkelijk is dat sommige bacteriegroepen pathogenen effectief kunnen blokkeren door essentiële voedingsstoffen voor de pathogenen weg te nemen.