Mogelijke bijwerkingen - op basis van analyse van 1,5 miljoen kinderen - zijn aseptische meningitis (MMR met Urabe of Leningrad/Zagreb stammen), koortstuipen (stammen: Moraten, Jeryl Lynn, Wistar RA, RIT 4385) en idiopathische trombocytopenische purpura. Geen verbanden met autisme, astma, leukemie, hooikoorts, diabetes, crohn, myelineschedeziekten, bacteriële of virale infecties werden gevonden, maar de auteurs stellen wel dat de zwakke 'methodische kwaliteit' van de studies geen sterke conclusie toelaat.

De belangrijkste conclusie van dit rapport is wel dat het niveau van onderzoek naar vaccinatie betrekkelijk zwak is en niet overeenstemt met het wereldwijde, massale gebruik ervan. In feite is dit nog maar het eerste systematische overzicht dat rond het MMR-vaccin gevoerd werd!

De auteurs hadden een groot aantal bemerkingen op de methodologie:

• Slechte beschrijving van studiepopulaties
• Inconsistente vermelding van inhoud van vaccins en dosering (wat essentieel is in dergelijk onderzoek)
• Ook de bepaling van de uitkomst was ondermaats.

Vele studies werden daarom niet opgenomen worden in deze analyse. Thans worden studies met een niet-gevaccinneerde controlegroep niet uitgevoerd, wat zinvolle gevolgtrekkingen onmogelijk maakt. Bovendien moet de hypothese van 'waning immunity' (dalende immuniteit) uitgeklaard worden. Enkele studies gaven aan dat een bofepidemie in de VS de gevaccineerde personen harder trof dan niet-gevaccineerde personen.

Nog andere enigma's zijn recent ontstaan, namelijk rond het (enkelvoudig) mazelvaccin zoals het toegediend wordt in ontwikkelingslanden. Voor het mazelvaccin vindt men gunstige bijwerkingen, met name een verlaging van de mortaliteit meer dan men zou verwachten op basis van een reductie van de mortaliteit door de mazelen alleen. Voor het DTP-vaccin (difterie, pertussis, tetanus) is het omgekeerde waar: dat vaccin verhoogt de mortaliteit bij meisjes.

DTP is niettemin een van de meest gebruikte vaccins.