Diversiteit en samenstelling van de darmmicrobiota zijn essentieel voor kolonisatieresistentie. De aanwezigheid van bepaalde sleutelsoorten blijkt van vitaal belang, zelfs als deze individueel weinig bescherming bieden. Opmerkelijk is dat sommige bacteriegroepen pathogenen effectief kunnen blokkeren door essentiële voedingsstoffen voor de pathogenen weg te nemen.