In het Groningse onderzoek werden bij 21 gezonde vrijwilligers (9 mannen, 12 vrouwen tussen 16-61 jaar) die vier weken lang een glutenvrij dieet volgden de veranderingen in het microbioom gemonitord. Van iedere deelnemer werd in totaal negen keer de ontlasting beoordeeld: één keer bij start van het onderzoek, wekelijks gedurende de glutenvrije periode van vier weken en wekelijks (totaal ook vier keer) nadat de deelnemer zijn gebruikelijke dieet weer had opgepakt. Van de 189 ingevroren ontlastingsmonsters werden er 155 beoordeeld op samenstelling. Daarnaast werden elke twee weken in het bloed zes biomarkers gerelateerd aan darmgezondheid gemeten.

Uit de resultaten bleek dat GFD duidelijk invloed heeft op het voorkomen van verschillende soorten darmbacteriën, met name op bacteriën gerelateerd aan de koolhydraat en zetmeelstofwisseling. De grootste verandering betrof een significante afname van een pathogene clostridia bacteriestam, veillonellaceae, die lactaat fermenteert en bekend staat als pro-inflammatoir. Deze daling zou het gunstige effect van GFD op symptomen van glutengevoeligheid en IBS kunnen verklaren.

GFD zorgde ook voor een afname van ruminococcus bromii (verantwoordelijk is voor de afbraak van koolhydraten) en roseburia faecis. De waargenomen daling van deze twee bacteriën is waarschijnlijk het gevolg van de veranderde koolhydraatsamenstelling van het GFD vergeleken met het gebruikelijke dieet. De consistentie van de ontlasting kan het microbioom ook beïnvloeden, maar die gegevens werden niet bepaald in het onderzoek. GFD gaf een vermeerdering van victivallaceae, clostridiaceae, ML615J-28, slackia en coriobacteriaceae. GFD had geen invloed op de aan darmgezondheid gerelateerde biomarkers.