Vooral genisteïne is verantwoordelijk voor het onttrekken van calcium uit de botten, op voorwaarde dat serum-calcium aan de lage kant is. Daïdzeïne lijkt het effect van genisteïne daarentegen te neutraliseren.

Bij vrouwen met een hoge serum-calcium hebben de isoflavonen de neiging om botdichtheid te verhogen, en al was die trend niet significant, het verschil met genisteïne is duidelijk. Bovendien hadden de isoflavonen geen effect op botdichtheid in de heupen of ruggengraat, twee sites die gevoelig zijn voor breuken. De klinische gevolgen voor daling in botdichtheid zouden daarom beperkt zijn.

Van supplementen met isoflavonen wordt verwacht dat ze botontkalking na de menopauze tegengaat, want dan gaan de oestrogeenniveaus naar omlaag. Interessant is daarbij te weten wat het effect is bij jonge vrouwen, want in populaties die veel soja eten en die beter beschermd leken tegen osteoporose, gaat het om een levenslange blootstelling aan isoflavonen.

De studie telde bij aanvang bijna 200 deelnemers, die placebo of 30 mg daïdzeïne, 30 mg genisteïne en 8,3 mg glyciteïne namen gedurende twee jaar. De onderzoekers gebruikten urineniveaus van isoflavonen als maat voor inname, omdat er grote individuele variatie in isoflavonmetabolisme bestaat. Hoewel de verhouding daïdzeïne-genisteïne in het supplement 1 op 1 was, was er een tienvoudige variatie in de verhouding van isoflavonen in de urine.